Narodil se v rodině Pavla Josefa Šafaříka, známého vědce, básníka a slavjanofila. Roku 1869 se stal prvním českým učitelem chemie na pražské polytechnice a od roku 1882  profesorem chemie a deskriptivní  astronomie na české větvi Karlo-Ferdinandovy univerzity. Zabýval se zejména výzkumem organokovových sloučenin,  především hořčíku. Řešil též jednotnost českého chemického názvosloví, vydal (nedokončenou) učebnici chemie Základové chemie (1878). Vedle chemie se zaobíral mineralogií a astronomií, přičemž v obou oborech publikoval. Fotografovat začal zřejmě roku 1862 a to mokrým kolódiovým procesem. Záhy poznal slabé stránky procesu a od  roku 1866 po deset let zkoušel  a prověřoval  deset tehdy nejznámnějších metod  přípravy suchých kolódiových desek, neboť chtěl vlastním přičiněním přispět k dalšímu rozvoji fotografie. Na základě svých zkušeností uveřejnil roku 1876 v prvních pěti číslech Listů chemických obsáhlou práci O fotografii a suchých deskách, které se označuje za první české vědecké pojednání o fotografii, v němž byly vysvětleny fyzikálně-chemické základy užívaných fotografických procesů.
    Soubor 33 kolódiových desek formátu 3 x 4 inch,  na nichž Vojtěch Šafařík studoval modifikace suchých kolódiových desek, se dochoval v pozůstalosti Josefa Friče. Kolekce obsahuje portréty členů rodiny, krajinářské snímky a městské veduty. Většina snímků nese poznámky o fotografických parametrech  expozice (datum, hodina, počasí, clona, expozice), jakož i o použitém procesu a způsobu vyvolání. Doplňující vědecké záznamníky k pokusům bohužel nalezeny nebyly. Díky popisu fotografické techniky a seznamu pomůcek, s nimiž pracoval, včetně cen a značek  objektivů,  máme velmi dobrou představu  o fotografově vybavení.
    Traduje se, že Vojtěch Šafařík po roce 1876 své fotografické práce musel opustit. Z počátku devadesátých let známe snímky, signované Paspa & Šafařík, které však vytvářel Šafaříkův jmenovec Eduard, podobně jako Karel Paspa člen Klubu fotografů amatérů v Praze. Šafaříkovo dílo teoretické  i praktické je ojedinělým pramenem poznání  při hledání nových fotografických procesů a jako takové je prvním svého druhu u nás.

Literatura (výběr):
 J. Bouček: Kolodiové negativy V. Šafaříka. Sborník ze 7. setkání pracovníků ve fotografické chemii ve Žďáru nad Sázavou; J. Anděl: Poznámky k historii fotografie. Počátky fotografické literatury. RF XVII, 1974, č. 4, s. 58-59; J. Bouček: O stavbě fotografického obrazu...II, Revue fotografie 1986, s. 42-49; M. Jiráček: 100 let výuky fotografie na českých vysokých školách. Dějiny věd a techniky XXXIII, 2000, č. 3, s. 1-10; P. Scheufler: Galerie c. k. fotografů.